Samotnicy
Stalkerzy, nie należący do żadnej grupy. Przeszukują Zonę sami, gdyż uważają, że w grupie marnuje się cenny czas oraz że są mniejsze dochody ze znalezionych artefaktów. Niektórzy zaś po prostu lubią samotność. Starają się pracować dla każdego, kto jest w stanie im zaufać.
Wolność
Jest to grupa anarchistów uważających, że dostęp do Zony powinien mieć cały świat, a nie tylko wojsko i naukowcy. Są w ciągłym konflikcie z frakcjami Powinność, Monolit oraz wojskiem. Swoją główną kwaterę mają w Dark valley. Otwarcie sprzeciwiają się siłom rządowym i grupom badawczym.
Monolit
Sekta religijna. Jej członkowie wierzą w istnienie Monolitu, który znajduje się w ruinach zniszczonego reaktora. Przez większość uważani za obłąkanych. Swoją główną siedzibę mają w Prypeci. Do wszystkich są nastawieni wrogo. Jest to jedna z najpotężniejszych grup. Dla nich nie ma zasad.
Ekolodzy
Grupa naukowców wysłana przez rząd Ukrainy, zajmują się badaniem całej Zony oraz wszystkich anomalii, które się w niej znajdują, w tym różnorodnych mutantów i tajemniczych artefaktów. Naukowcy ściśle współpracują z ukraińskim wojskiem, które odpowiada za ich ochronę podczas badań w tych niebezpiecznych obszarach.
Wojsko
Siły wojskowe Ukrainy. Wysłane przez rząd celem objęcia kontroli nad terytorium Strefy Wykluczenia Strzegą granic Zony przed stalkerami i mutantami, patrolują również drogi nieopodal granicy. Niektóre oddziały są wysyłane w głąb Zony jako misje ratunkowe czy w celu wzmocnienia placówek. Dobrze uzbrojeni i wyszkoleni.
Najemnicy
Najbardziej tajemnicza frakcja, w której istnienie powątpiewa większość osób w Zonie. Nie wiadomo, gdzie mają główną siedzibę. Działają na zlecenie (np. zabójstwa lub strzeżenie danej lokalizacji lub miejsca). Za wykonanie zadania biorą artefakty lub pieniądze. Są dobrze uzbrojeni i doskonale wyszkoleni
Bandyci
Kryminaliści, którzy przybyli do Zony, by uciec przed prawem, handlować artefaktami lub bronią. Trudno ich określić mianem stalkerów, ponieważ nie poszukują artefaktów samodzielnie, lecz aby je zdobyć nie wahają się okradać i zabijać innych stalkerów. Z reguły występują w kilkuosobowych grupach.
Powinność
Dobrze zorganizowana, paramilitarna frakcja działająca na terenie Zony. W jej szeregach znajdują się zarówno byli żołnierze, jak i doświadczeni stalkerzy. Organizacja słynie z żelaznej dyscypliny i wysokiego poziomu wyszkolenia swoich członków. Ich głównym celem jest ochrona ludzkości przed zagrożeniem, jakie niesie ze sobą Zona, oraz całkowite jej unicestwienie. Sprzeciwiają się wszelkim przejawom wykorzystywania Zony do własnych celów, szczególnie pozyskiwaniu artefaktów i handlowaniu nimi. Główna kwatera Powinności mieści się w instytucie Agroprom.
Czyste Niebo
Są to badacze zjawisk Zony, mający swoją siedzibę gdzieś w Zonie. Nikt nie wie, jaka jest ich dokładna liczba, czym się zajmują i do jakich celów dążą. Pokojowo nastawiona grupa naukowa, której członkowie nie są bojownikami, ale badaczami, jednak nie zawahają się użyć siły, kiedy jest to wymagane. Ich głównym celem jest badanie Zony i utrzymanie w niej równowagi. Członkowie frakcji postrzegają Zonę jako "najbardziej niesamowitą rzecz, jaką dana osoba napotkała".
Renegaci
Rabusie i zdrajcy. Są to byli członkowie innych grup, którzy zdradzili idee swoich frakcji. Wśród nich są też przestępcy, którzy uciekli do Zony i którzy nie chcieli dzielić się łupem z Bandyckimi szefami. Ponadto wyrzekli się Bandyckich "zasad". Polują na łatwą zdobycz idzie to w parze z morderstwami i rabunkami młodych i niedoświadczonych Stalkerów.